新聞
液態活檢中片段篩選不容忽視的“小事情”--ctDNA片段大小篩

 

英國癌癥研究院和劍橋大學醫院的科學家發表一篇刊印在bioRxiv的預印本文章,旨在表明如何使用DNA大小篩選來增強循環腫瘤DNA的研究效果。分析表明,在液體活檢測序前添加片段大小篩選步驟,可以提供關于腫瘤遺傳學的重要見解。

 第一作者Florent Mouliere,資深作者Nitzan Rosenfeld認為“通過在血漿游離DNA中選擇短的片段研究,改善了對循環腫瘤DNA的檢測”。研究人員指出,分析ctDNA(circulating tumor DNA一種越來越重要的癌癥進展標志物)時面臨的挑戰是,在來自于正常細胞的游離DNA背景下檢測到罕見的腫瘤細胞DNA片段。作者說“在晚期癌癥患者中,ctDNA的中位數濃度可能達到cfDNA總量的10%或更多,但是這一部分在早期癌癥中低得多,并且在全身治療或手術開始后ctDNA可能快速降低”。“近期觀察顯示ctDNA片段可能比血漿中的非腫瘤cfDNA短,這些差異可以被用來富集cfDNA中的腫瘤特異性信號”。
 

該小組開展的這個項目主要是評估NGS實驗工作流程中按片段大小富集ctDNA的有效性。由于已知健康細胞的游離DNA片段分布在167bp附近達到峰值,因此科學家使用PippinHT自動化DNA片段大小篩選儀器回收90bp到150bp大小的DNA片段。報告顯示,在從13名晚期卵巢癌患者處收集的26個血漿樣本中,科學家們確定添加一個DNA片段大小篩選步驟可以“使突變的DNA部分富集了11倍”。“這樣可以用來檢測拷貝數變異,包括MYC擴增,否則就沒有辦法觀察到”。
 

在片段大小篩選后,可以檢測到重要的癌癥相關基因(例如NF1,PARP2,MYC)的體細胞拷貝數變異(SCNA),而在對照工作流程中(沒有片段篩選)未檢測到這些變異。作者指出:“11名患者的樣本中,DNA片段大小篩選后可以檢測到更多的SCNAs,而且顯著提高了log2ratio的絕對水平”

這些結果造就了一個原則性的證據,即通過簡單的cfDNA過濾和較短片段的篩選,就有可能增加cfDNA樣品中的ctDNA的比列”,Mouliere等人總結說,他們的方法可以與任何下游的NGS分析方法一起使用。“cfDNA片段篩選與大規模和靈敏的基因組分析的兼容性,可以釋放液體活檢在早期癌癥診斷以及檢測微量基因突變疾病方面的潛力”。
 

 

 


參考資料:1Selecting Short DNA Fragments In Plasma Improves Detection Of Circulating Tumour DNA


關于PippinHT

是美國Sage Science公司Pippin系列核酸片段自動回收設備。經過幾年的發展,Pippin系列設備已成為測序實驗室標準配置,并享有產品和技術專利。

PippinHT適合大中型測序實驗室配置,回收范圍:90-2000bp;6-50 kb high pass,通量:24個樣品/輪,技術特點:更快、更多、更強。  

關于環亞生物科技

環亞生物科技有限公司是美國Sage公司中國區總代理商,一直關注測序相關設備在國內的引進和開發,致力于協助國內客戶更好、更快完成測序樣本的制備工作,實現更高效率、更輕松的工作流程。

更多詳細信息請聯系

環亞生物科技有限公司

網址:www.uzubgh.tw
[email protected]

香港平特二连肖