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高效的60-120 bp短片段cfDNA文庫構建
簡介:從血漿中分離的cfDNA(游離DNA)能夠在創新式的非入侵條件下提供極具價值的基因組信息。cfDNA片段的大小主要集中于170bp,即纏繞一個核小體的DNA片段。越來越多的研究認為更短的cfDNA片段(40-170bp)保留著關于胎兒、腫瘤相關拷貝數變異和細胞起源的基因組信息(Jiang et al.,PNAS,2015; Snyder et al., Cell, 2016)。高通量測序技術(NGS)是一項非常靈敏和準確的技術,通過該項技術,我們可以對液態活檢(LiquidBiopsy)中分離的cfDNA進行測序和分析,目前在科研和精準醫療領域已經有多項相關應用。
 
在cfDNA文庫構建前,我們使用Pippin Prep全自動DNA片段回收儀(美國Sage Science公司)將人血漿cfDNA分選(size-selection)為小于160bp和大于160bp的兩部分,并用小于1ng的篩選后片段構建文庫(建庫試劑盒選用美國Rubicon Genomics’ ThruPLEX Plasma-Seq)。作為對照,我們同時也用未分選片段大小的血漿cfDNA構建ThruPLEX Plasma-Seq文庫。






結論:
 
根據我們的實驗結果可以得出,使用Pippin Prep儀器分選小于170bp的cfDNA片段,能順利構建插入片段集中于60-120bp的高度多樣化cfDNA文庫(108個單獨分子),這些在70-110bp的片段相互間隔約10bp。值得注意的是,通過對照實驗發現,建庫前分選才可以顯著富集小cfDNA片段,建庫后分選并不能顯著富集小cfDNA片段。
 
得益于Pippin Prep 精準片段分選技術和ThruPLEX Plasma-Seq 低于納克級文庫構建技術的結合,我們可以富集<160bp的cfDNA片段并建庫。雖然小片段cfDNA的含量低于常規方法的檢測極限,但我們的方法有效的改善了小片段cfDNA的獲取。
 
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